BreSci

XV Brazilian e-Science Workshop

O XV Brazilian e-Science Workshop (BreSci) tem como objetivo colaborar com os esforços de e-Ciência propondo um fórum amplo de discussão sobre os temas envolvidos no desenvolvimento de infraestrutura de software em apoio às ciências como uma nova plataforma de pesquisa e experimentação científica.

Melhores Artigos

Best Paper: Efficient Breast Cancer Classification Using Histopathological Images and a Simpler VGG.
Autores: Omar Cortes e Marcelo Luis Rodrigues Filho do Instituto Federal do Maranhão. 

Menção Honrosa: Addressing search in scientific open data repositories: A semantic metasearch platform.
Autores: Gustavo Borges, Claudia Medeiros e Julio Dos Reis do Instituto de Computação da Universidade Estadual de Campinas (IC-UNICAMP).

Programação

Palestra de Abertura: Automatic Segmentation in Pediatric Brain MRIs Roberto Marcondes Cesar Junior (USP), Hugo Neves de Oliveira (USP)

21

julho

9h

Pediatric brain MRI is a useful tool in assessing the healthy cerebral development of children. Possible pathologies that may be addressed by such techniques include congenital malformations to tumors. In this talk, we describe a pediatric brain MRI segmentation pipeline composed of preprocessing, semantic segmentation and post-processing steps. Experimental results using real data are presented.

Roberto Marcondes Cesar Junior (USP)

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq – Nível 1A

Possui graduação em Ciência da Computação pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (IBILCE – UNESP – 1992), mestrado em Engenharia Elétrica pela Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP – 1993) e doutorado em Física pela Universidade de São Paulo (USP – 1997). É Professor Titular do Departamento de Ciência da Computação – IME – USP desde 2008. É Pesquisador Associado do InovaUSP. Foi membro da Coordenação de Área de Computação da FAPESP (2006-2012) e do Comitê de Avaliação Trienal da Capes (Computação (2007-2009; 2010-2012). Foi Diretor do Núcleo de Pesquisa em eScience da USP e Chefe do Departamento de Ciência da Computação – IME-USP. Foi J.A. do CTBE – CNPEM (2010-2012). É membro da Coordenação Adjunta da FAPESP (desde 2012). É membro da Academia de Ciências do Estado de SP (ACIESP). Apresentou palestras convidadas em diferences conferências (SIBGRAPI 2011; SHAPES 2.0 – 2012; eSon – IEEE eScience 2013). Tem experiência nas áreas de Ciência da Computação (modelagem matemática e engenharia), com ênfase em visão computacional, reconhecimento de padrões; processamento de imagens, bioinformática e eScience.

Currículo Lattes: http://lattes.cnpq.br/2240951178648368

Sessão Técnica – Imagens, Visualização

21

julho

10h

  • Redes Neurais Convolucionais Otimizadas para a Detecção de Supernovas

  • Efficient Breast Cancer Classification Using Histopathological Images and a Simpler VGG

  • Análise de Dados de Focos de Calor no Brasil Através de Técnicas de Visualização

  • MastitAlert: em direção à detecção da mastite durante o ato da ordenha

Sessão Técnica – Workflows

21

julho

11h20

  • Definição de Parâmetros do Spark por meio de Aprendizado de Máquina: um Estudo com Dataflows de Astronomia

  • Comparison of High-performance Computing Approaches in the Python Environment for a Five-point Stencil Test Problem

  • Architecture for Decision Support in Precision Livestock Farming

Sessão Técnica – Bioinformática

21

julho

16h10

  • Gerência e Análises de Workflows aplicados a Redes Filogenéticas de Genomas de Dengue no Brasil

  • Workflows Científicos de RNA-Seq em Ambientes Distribuídos de Alto Desempenho: Otimização de Desempenho e Análises de Dados de Expressão Diferencial de Genes

  • Estratégia Algorítmica para a Reconstrução e Validação da Estrutura Molecular de Variantes do SARS-COV-2

  • Refatorando um Pipeline de Bioinformática: Um Estudo de Caso para Análise de Amplicons

Sessão Técnica – Ontologias e Dados

21

julho

17h30

  • Ontologias para Nanopublicações do Domínio de Análise de Redes de Colaboração Científica

  • Addressing search in scientific open data repositories: A semantic metasearch platform

  • Integrated Dataset of Brazilian Flights

  • An Ontology Based Natural Language Processing Pipeline for Brazilian COVID-19 EMR

Palestra – Proveniência em Ciência de Dados: Progressos e Desafios Marta Mattoso

22

julho

9h

Dados de proveniência representam as etapas de encadeamentos de transformações de dados. Esses dados aumentam a qualidade e credibilidade dos resultados de experimentos científicos baseados em Ciência de Dados. Diversas técnicas para modelagem, coleta e consulta de dados de proveniência vêm sendo desenvolvidas nas últimas décadas. Grandes avanços e progressos vêm sendo obtidos, mas ainda são muitos os desafios em sua adoção e aplicação em experimentos científicos. Essa apresentação visa a mostrar o cenário atual, alguns casos reais incluindo experimentos em Ciência de Dados e várias oportunidades de pesquisa.

Sobre Marta Mattoso

Marta Mattoso é Professora Titular da COPPE-Universidade Federal do Rio de Janeiro. Seus temas de interesse em Ciência de Dados incluem aspectos de gerência de dados em larga-escala. Dentre os interesses estão os dados de proveniência para apoiar humanos em análises de dados durante a execução paralela de muitas tarefas de computação em ambientes de alto desempenho. Já orientou mais de 80 alunos de pós-graduação. É bolsista de produtividade em pesquisa nível 1B do CNPq. Sua pesquisa é aplicada em problemas reais, abordando experimentos científicos em workflows da área de Ciência Computacional, incluindo aprendizado de máquina profundo. Coordena projetos de pesquisa financiados pelo CNPq, CAPES, Faperj e projetos de colaboração com o INRIA, França, desde 2001. Atualmente é Mercator Fellow do DFG, Alemanha e membro do corpo de especialistas do projeto WorkflowsRI nos E.U.A. Foi membro do CA-CC do CNPq no período de 2015 a 2018. Ela é membro da ACM, IEEE e sócia fundadora da Sociedade Brasileira de Computação. Ela atua em comitês de programa de conferências internacionais e é membro do corpo editorial de vários periódicos internacionais.

Sessão Técnica – Deep Learning

22

julho

10h

  • Análise automática de relatórios de acreditação usando aprendizagem de máquina

  • Combate ao Covid19: Detecção em tempo real de indivíduos sem máscara em ambiente escolar por meio de Deep Learning

  • Text-to-hashtag Generation using Seq2seq Learning

  • Desenvolvimento de um modelo de reconhecimento de voz para o Português Brasileiro com poucos dados utilizando o Wav2vec 2.0

Encerramento

22

julho

11h20

Chamada de Trabalhos

Nas últimas décadas, tem havido uma revolução no modo como a Ciência e Pesquisa têm sido conduzidas. Nesta revolução, a Computação tem se estabelecido como um terceiro pilar da ciência, ao lado da teoria e da experimentação. A ciência de apoio computacional à experimentação científica tem sido chamada de e-Ciência (do inglês e-Science). Nesse novo modo de fazer ciência, pesquisadores exploram grandes coleções de dados, além de utilizar, por meio de uma rede de alto desempenho, recursos computacionais em larga escala, que podem estar geograficamente distribuídos. Estas novas demandas impõem grandes desafios a serem enfrentados, relacionados à modelagem e ao gerenciamento de dados científicos, software e de todo o conhecimento envolvido.

Recentes avanços em pesquisa em Computação – incluindo apoio à modelagem de workflows em diferentes níveis de abstração, ontologias, inteligência artificial e aprendizado de máquina, serviços web semânticos, processamento de alto desempenho, computação em nuvem, grades computacionais, modelagem de recursos, gerenciamento de componentes de software, banco de dados distribuídos e paralelos, proveniência de dados e processos, curadoria de dados, entre outros – podem ajudar na solução dos desafios de e-Science.

O XV Brazilian e-Science Workshop (BreSci) tem como objetivo colaborar com os esforços de e-Ciência propondo um fórum amplo de discussão sobre os temas envolvidos no desenvolvimento de infraestrutura de software em apoio às ciências como uma nova plataforma de pesquisa e experimentação científica.

Em 2021, além das contribuições de áreas tradicionais ligadas à e-Ciência, o workshop visa apoiar as iniciativas em Ciência de Dados que possam ser transferidas para a melhoria das Ciências. Dessa forma, o BreSci convida também pesquisadores e profissionais a enviarem suas contribuições relacionadas a projetos envolvendo a Ciência de Dados, como uma das modernas vertentes de processamento, manipulação e análise de informação em larga escala.

Tópicos de Interesse

Os tópicos de interesse do XV BreSci incluem, mas não estão limitados, aos listados abaixo.

Trilha Principal:

  • Ambientes de experimentação
  • Aprendizado de máquina e Deep Learning
  • Arquiteturas orientadas a serviços
  • Ciência de Redes
  • Computação em nuvem
  • Data analytics em Dados Científicos e/ou Abertos
  • Ecossistemas de software
  • Extração de conhecimento a partir de fontes heterogêneas de dados
  • Gerência de acesso a dados científicos e abertos
  • Gerência de dados em larga escala
  • Gerência de workflows
  • Gestão de conhecimento em larga escala
  • Grades computacionais
  • Infraestrutura para aplicações
  • Modelos de dados para dados científicos e/ou abertos
  • Modelos e técnicas para ciência colaborativa
  • Ontologias e bancos de dados para dados científicos e/ou abertos
  • Organizações virtuais
  • Processamento de dados em larga escala
  • Processos de experimentação em larga escala
  • Proveniência de dados e processos
  • Sistemas autonômicos e auto-organizados
  • Técnicas de paralelismo baseado em dados
  • Tecnologias habilitadoras
  • Teorias e modelos
  • Tolerância a falhas, confiabilidade e disponibilidade
  • Visualização de dados
  • Web semântica

Trilha de Aplicações:

  • Agricultura
  • Astronomia
  • Biodiversidade
  • Bioinformática
  • Ciência da saúde e forense
  • Ciência da Vida
  • Clima, ciência ambiental e da terra
  • Física
  • Humanidades e Ciências sociais
  • Química

Formato dos Artigos

O XV BreSci aceita submissões de artigos longos ou curtos, com limites máximos de 8 e 4 páginas, respectivamente. Os artigos devem ser escritos em Português ou Inglês, e devem ser escritos obedecendo ao modelo sugerido pela SBC (Sociedade Brasileira de Computação). Os trabalhos submetidos devem ser inéditos e incluir resultados ainda não publicados.

Todos os artigos (longos e curtos) serão revisados por pares de acordo com os seguintes critérios: adequação ao escopo do workshop, relevância, qualidade técnica, clareza, originalidade e resultados. Os autores devem identificar o(s) tópico(s) sendo abordado(s) no artigo para auxiliar o comitê do programa no processo de revisão. A presença de resultados, embora desejada, não é um requisito para a submissão do trabalho.

Cada manuscrito deve ser submetido eletronicamente, em arquivo PDF, via site de submissão JEMS.

Datas Importantes

  • Data limite para submissão dos trabalhos: 12/03 26/03 16/04/2021 (FINAL)
  • Notificação dos trabalhos aceitos: 30/04 24/05/2021
  • Registro dos autores: 14/05 04/06/2021
  • Data limite para envio das versões finais: 14/05 04/06/2021

Apresentação dos Trabalhos

Os artigos aceitos serão publicados nos anais do evento, que serão disponibilizados online na SBC Open Lib (https://sol.sbc.org.br/index.php/bresci), o portal de conteúdo da SBC. Todos os artigos serão indexados com DOI.

Artigos longos serão apresentados em sessões orais no XV BreSci 2021. Artigos curtos poderão ser apresentados no formato oral ou de pôster. Os organizadores se reservam o direito de não incluir nos anais aqueles trabalhos que, durante o evento, não forem apresentados por um de seus autores, ou por algum representante indicado.

Seção Especial na Revista de Informática Teórica e Aplicada

Serão selecionados até três artigos longos entre os apresentados e publicados nos anais do BreSci 2021. A seleção será realizada com base na qualidade dos trabalhos e na qualidade das apresentações no evento. Versões estendidas dos trabalhos selecionados serão convidados para submissão na Revista de Informática Teórica e Aplicada (RITA), ISSN 2175-2745,  https://seer.ufrgs.br/rita.

Os autores desses trabalhos selecionados serão convidados a preparar e submeter suas versões ampliadas para revisão. As versões estendidas dos trabalhos selecionados serão convidados para a submissão de uma seção especial da RITA dedicada ao BreSci 2021. Esses trabalhos deverão ser submetidos em inglês, respeitando o formato e regras de revisão definidos pela revista.

Inscrição no Evento

A inscrição pagante de, no mínimo, um autor do artigo é obrigatória para publicação do trabalho. Autores com mais de um artigo aprovado, em qualquer evento do CSBC, podem realizar o pagamento de uma única inscrição, acrescida de uma “taxa de publicação extra” por artigo adicional. Maiores detalhes a respeito dos valores e formas de pagamento serão divulgadas em breve.

Organização

Coordenação geral

  • Fabrício Martins Lopes (UTFPR) – fabricio@utfpr.edu.br
  • Victor Ströele (UFJF) – victor.stroele@ice.ufjf.br

Coordenação local

  • Wemerson Delcio Parreira (UNIVALI) – parreira@univali.br

Comitê Diretor do XIV BreSci

  • Kele Teixeira Belloze (CEFET/RJ)
  • Márcio Katsumi Oikawa (UFABC)
  • Daniel Cardoso Moraes de Oliveira (UFF)
  • Eduardo Soares Ogasawara (CEFET/RJ)
  • Carla Osthoff Ferreira de Barros (LNCC)
  • Emanuele Santos (UFC)

Comitê de Programa

  • Alex Vieira (UFJF)
  • Alexandre Rossi Paschoal (UTFPR)
  • Ana Carolina Guimarães (FIOCRUZ)
  • Anderson Soares (UFG)
  • André Fujita (IME-USP)
  • André Rossi (UNESP)
  • André Ponce de Leon F de Carvalho (ICMC-USP/S.Carlos)
  • André Yoshiaki Kashiwabara (UTFPR)
  • Ary Henrique Oliveira (UFT)
  • Bruno Schulze (LNCC)
  • Carla Osthoff (Laboratório Nacional de Computação Científica)
  • Claudia Bauzer Medeiros (IC-UNICAMP)
  • Daniel Cordeiro (USP)
  • Daniel de Oliveira (UFF)
  • Danilo Sipoli Sanches (UTFPR)
  • David Corrêa Martins Junior (UFABC)
  • David Menotti (UFPR)
  • Diego Brandão (CEFET/RJ)
  • Dieval Guizelini (UFPR)
  • Diogo Tschoeke (UFRJ)
  • Douglas Macedo (UFSC)
  • Eduardo Ogasawara (CEFET/RJ)
  • Fabio Porto (LNCC)
  • Fabrício Martins Lopes (UTFPR)
  • Fabricio Mendonça (UFJF)
  • Fernanda Campos (UFJF)
  • Gilberto Pastorello (Lawrence Berkeley National Laboratory)
  • Gleiph Ghiotto (UFJF)
  • Heitor Lopes (UTFPR)
  • Humberto Marques (PUC Minas)
  • Jairo Souza (UFJF)
  • Jesús Pascual Mena Chalco (UFABC)
  • João Paulo Papa (UNESP)
  • João Setúbal (USP)
  • José David (UFJF)
  • Kary Ocaña (Laboratório Nacional de Computação Científica)
  • Kele Teixeira Belloze (CEFET-RJ)
  • Kelly Braghetto (USP)
  • Leonardo Azevedo (IBM Research Brazil)
  • Luciano Digiampietri (USP)
  • Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior (LNCC)
  • Marcio Dorn (UFRGS)
  • Marcio Oikawa (UFABC)
  • Mariano Silva (Laboratório Nacional de Computação Científica)
  • Mario Dantas (UFJF)
  • Marta Mattoso (COPPE/UFRJ)
  • Patricia Della Méa Plentz (UFSC)
  • Pedro Henrique Bugatti (UTFPR)
  • Priscila Tiemi Maeda Saito (UTFPR)
  • Rafaelli Coutinho (CEFET-RJ)
  • Regina Braga (UFJF)
  • Renato Tinós (USP)
  • Ricardo Torres (NTNU – Norwegian University of Science and Technology)
  • Roberto M. Cesar-Jr (IME-USP)
  • Ronaldo Goldschmidt (Instituto Militar de Engenharia)
  • Saulo Villela (UFJF)
  • Sérgio Lifschitz (PUC-Rio)
  • Sergio Manuel Serra da Cruz (UFRRJ)
  • Sylvio Barbon Junior (UEL)
  • Thiago Emmanuel Pereira (UFCG)
  • Victor Stroele (UFJF)
  • Vinod Rebello (UFF)